Poderá ser míldio (Peronospora parasitica). Um site muito completo sobre hortícolas, embora se refira a produção intensiva (não biológica) é http://www.infoagro.com Procurando imagens com o nome científico das doenças poderá dar para identificar.
Parece míldio sim, antes das manchas castanhas, não apareceu uma mancha branca e depois amarelada?
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